¡Resulta que Java tiene una forma “estándar” para almacenar los valores de configuración de una aplicación (como el Registro de Windows)!

Se trata de un API llamado Preferences que se encuentra en el paquete java.util.prefs y si no lo conocías no es extraño ya que es algo completamente nuevo introducido en la versión 1.4 del J2SE.

Básicamente se trata de una clase Properties (que en cualquier caso mucha gente ya utilizaba para guardar los valores de configuración) ampliada con algunos métodos de utilidad y a la que no hay que especificar el sitio físico en el disco donde se almacena (la JVM se encarga de ella).

Podéis leer un articulo sobre este API o consultar la documentación en el J2SE 1.4.